СПИСОК СТАТЕЙ, РАЗМЕЩЕННЫХ НА САЙТЕ

Вниманию аспирантам, соискателям и просто любителям что-то посчитать предлагается Radiant - интерактивное веб-приложение для проведения статистического анализа. Оно не требует никакой дополнительной инсталляции и может быть запущено в любом интернет-браузере (Explorer, Google Chrome, FireFox, Opera) просто путем ввода адресной строки.
Читайте наш перевод документации здесь...

Используем R!:
Наше любимое занятие последних 5 лет - писать скрипты для работы в статистической среде R. Чтобы не вносить в текущий сайт излишние чужеродные мотивы, мы для этих упражнений создали специальный блог "Экология с R" - stok1946.blogspot.com , который мы рекомендуем посетить (можно в любой момент нажать также логотип R).
Текуший список публикаций на блоге здесь...

Используем R!:
Шитиков В. К. , Мастицкий С.Э. (2017) Классификация, регрессия и другие алгоритмы Data Mining с использованием R. - новая электронная книга (351 с.) по статистическому анализу данных в среде R.

Анонсируем выход в свет двух фундаментальных научных монографий наших коллег из Нижегородского университета:
Гелашвили Д.Б. с соавторами (2015) Зоотоксинология: биоэкологические и биомедицинские аспекты.
Гелашвили Д.Б. с соавторами (2016) Принципы и методы экологической токсикологии.

Используем R!:
Шитиков В.К. (2016) Экотоксикология и статистическое моделирование эффекта с использованием R. - электронная книга объемом 149 с., содержащая подробный рассказ, как строить зависимости "доза-эффект".

Коллектив лаборатории экологии малых рек ИЭВБ (зав. д.б.н. Зинченко Т.Д.) приводит список оттисков статей, опубликованных до 1990 г. по различным проблемам экологии водных экосистем. Любые из них по заявкам коллег могут быть отсканированы и высланы в их адрес. .

Вашему вниманию представляются основные результаты исследований по гранту Российского фонда фундаментальных исследований «№ 15-04-03341» "Особенности гидролого-гидрохимических, гидробиологических характеристик и функционирования равнинных рек различных ландшафтных зон бассейна Средней и Нижней Волги и их изменения под влиянием процессов аридизации водосборов" (рук. Л.В. Головатюк), в том числе: аннотация к отчету по теме, некоторая графическая информация и научные публикации, доступные для скачивания.

Представляем читателям серию статей П.В. Озерского, в которых рассматриваются такие базовые концепции как "экологическая ниша", "жизненная форма", "консорция", "симбиотические отношения" и др. Угол такого рассмотрения часто оказывается критическим, что создает почву для возможных аргументированных дискуссий.
Внимание: добавлена еще одна публикация 2015 г.

Снова обращаемся лицом к статистической среде R:
Мастицкий С.Э., Шитиков В.К. (2014) Статистический анализ и визуализация данных с помощью R. - электронная книга объемом 401 с., содержащая подробный рассказ на примерах, как работать с этим программным продуктом.

Вашему вниманию предлагаются "МАТЕРИАЛЫ ПО КОМПЛЕКСНОМУ ИССЛЕДОВАНИЮ ЭКОСИСТЕМЫ ОЗ. ЭЛЬТОН" (2009 - 2014 гг., рук. Зинченко Т.Д.) , в том числе: основные промежуточные результаты исследований по гранту Российского фонда фундаментальных исследований № 07-04-96610 «Разнообразие планктонных и донных сообществ высокоминерализованных рек аридной зоны Приэльтонья; популяционные адаптации гидробионтов к экстремальным факторам» и научные публикации по теме, доступные для скачивания.

Вашему вниманию предлагаются две статьи, посвященные проблемам оценки видового и таксономического разнообразия:
Соколов С. Г., Жуков А. В. Тенденции изменчивости паразитарных населений ротана Perccottus glenii (Actinopterygii: Odontobutidae) в нативной части ареала хозяина // Известия РАН. Серия биологическая. 2014. № 5. С. 518-528.
Шитиков В. К., Зинченко Т. Д. Использование чисел Хилла для оценки видового и таксономического разнообразия в группах местообитаний // Принципы экологии. 2013. № 3. С. 23 - 36.

Демидов А.А., Кобец А.С., Грицан Ю.И., Жуков А.В. Пространственная агроэкология и рекультивация земель. Монография описывает закономерности пространственной организации агроэкосистем с позиций применения в экологических исследованиях современных технологий: геоинформационных систем и многомерных статистических методов анализа данных. Поздравляем украинских коллег с прекрасно выполненной работой. Опубликовано: Днепропетровск : Изд-во «Свидлер А.Л.», 2013. 560 с. Формат PDF (17.2 Мб)

Шитиков В.К., Розенберг Рандомизация и бутстреп: статистический анализ данных по биологии и экологии с использованием R. Представлены на конкретных примерах общая идеология и техника проведения расчетов при проверке статистических гипотез и оценке выборочных параметров. Приводится текст, содержащий семь глав подготавливаемой монографии и многочисленные скрипты в кодах R.

Советы молодому ученому Прекрасное методическое пособие для студентов, аспирантов, младших научных сотрудников и, может быть, не только для них... Подготовлены в ИЭРиЖ УрО РАН в славном г. Екатеринбурге под. ред. Воробейчика Е.Л. Спешите читать - это уже 3-е издание, переработанное и дополненное. 2011. 122 с. Формат PDF (0.7 Мб)

Протасов А.А., Карпинский М.Г. Гидробиология в датах. Хронология ключевых научных событий. Одна из версий историографии важнейших вех интересной науки. Вероятно не самая полная, но, безусловно, интересная... Опубликовано: Морской экологический журнал, 2011. № 3, том X. С. 86 - 100. Формат PDF (0.3 Мб)

Представлена информация (аннотация и содержание) об издаваемых книгах:
1. Протасов А.А. Жизнь в гидросфере. Очерки по общей гидробиологии.

2. Протасов А.А., Семенченко В.П., Силаева А.А., Тимченко В.М. и др. Техно-экосистема АЭС. Гидробиология, абиотические факторы, экологические оценки.
Приведена форма заявки на их приобретение.

Сборник статей: Проблемы экологического эксперимента: (планирование и анализ наблюдений) / Под ред. чл.корр. РАН Г.С. Розенберга и д.б.н. Д.Б. Гелашвили; сост. и коммент. д.б.н. В.К. Шитикова.- Тольятти СамНЦ РАН; Кассандра, 2008. - 274 с. В числе детально обсуждаемых проблем: (i)"мнимые повторности" С.Хелберта; (ii)стратегия и тактика планирования мониторинговых наблюдений для изучения экосистем различного типа; (iii) методы математического планирования эксперимента и статистической обработки данных.

Крамаренко С.С. Энтропийный дисперсионный анализ (ЭДА) : метод сравнения нескольких групп с использованием информационного индекса Шеннона. Дальнейшее развитие энтропийно-информационного анализа полигенных (количественных) признаков биологических объектов различной природы. Метод позволяет оценить достоверность различий полученных оценок энтропии (в экологических исследованиях - индекса Шеннона-Уивера) в двух или более выборках с последующим вычислением уровня значимости полученных различий.

Горбань А.Н., Смирнова Е.В., Чеусова Е.П. Групповой стресс: динамика корреляций при адаптации и организация систем экологических факторов (анотация, содержание и ссылка на файл PDF). Рекомендуем также познакомиться с двумя великолепными монографиями: А.Н.Горбаня и Р.Г.Хлебопроса "Демон Дарвина. Идея оптимальности и естественный отбор" (скачать PDF-файл здесь - 1.3 Мб ) и А.Ю. Зиновьева "Визуализация многомерных данных" (читать и скачивать здесь). Новые работы этих авторов - см. на сайте http://pca.narod.ru .

Мамихин С. В. Динамика углерода органического вещества и радионуклидов в наземных экосистемах (имитационное моделирования и применение информационных технологий) Представлены выходные данные, оглавление и начальные главы этой монографии. Полный текст монографии С.В.Мамихина вы можете скачать здесь же в формате Acrobat Reader.

Новаковский А.Б. Методы ординации в современной геоботанике Предметная область "геоботаника" определена здесь в достаточной мере условно. Обзор может быть интересен всем специалистам, для которых актуальна проблема связи видового состава любых экологических сообществ с условиями среды. Еще с одним обзором А.Б.Новаковского , посвященным описанию некоторых наиболее известных программных продуктов для обработки геоботанических описаний, Вы можете ознакомиться в формате Acrobat Reader.

Протасов А.А. Биомы в гидросфере Весьма актуальная в теоретическом плане работа,вносящая некоторую ясность в основополающие понятия. Опубликована в Морской экологический журнал (Marine ecological Journal).- 2006.- Том V, № 3. - С. 31-44.

Шитиков В.К. Интеллектуальные технологии структурного анализа экологических систем. Диссертация в форме научного доклада на соискание ученой степени доктора биологических наук по специальности 03.00.16 – экология, октябрь 2006 г.

Крамаренко С.С. Дисперсионный анализ качественных признаков (ANOQVA) в популяционно-фенетических исследованиях. Наш постоянный автор предлагает свой свежий и квалифицированный взгляд на метод анализа, почему-то считающийся анахронизмом. В Выпуске I приводится практически исчерпывающее и мастерски разложенное по "полочкам" описание алгоритмов дисперсионного анализа качественных признаков с формулами и численными примерами. Выпуск II посвящен приложениям ANOQVA применительно к фенетическому анализу структурированных популяций. На примере популяции наземного моллюска B.bidens шаг за шагом показаны пути оценки фенетической дифференциации популяции, ее пространственной изменчивости и степени регурярной структурированности.

Протасов А.А. Некоторые вопросы гидробиологии Поздней осенью 2004 г. пришла скорбная весть: не стало А.И.Баканова, известного ученого, специалиста по количественным методам в гидробиологии, активно участвовавшего и в работе нашего сайта. А.А.Протасов, через призму своих воспоминаний и диалогов с Александром Ивановичем, размышляет о ключевых проблемах экологической науки.

Семенченко В.П. Принципы и системы биоиндикации текучих вод (формат PDF, 753 Kb) . Приведены основные положения Европейской Рамочной водной директивы, а также известных систем биоиндикации: Американской RBPs и Британской RIVPACS. Сделан сравнительный анализ 16 широко используемых биотических индексов. Опубликовано НАН Беларуси, Институт зоологии,Минск:Орех, 2004. 125 с.

Шитиков В.К., Розенберг Г.С. Оценка биоразнообразия: попытка формального обобщения. Несмотря на наличие большого количества методических публикаций, проблема оценки биоразнообразия оказывается далеко не столь "прозрачной". Авторы с критических позиций обсуждают существующие методы расчета как параметров самого разнообразия, так и основных его компонентов (видового состава, плотности популяций и др.)

Протасов А.А. Биоразнообразие и его оценка. Концептуальная диверсикология- Киев, 2002. 110 с. - любезно присланный автором текст монографии в PDF-формате (около 8 Мб). Лучшим комментарием к книге является рецензия:
Баканов А.И. О книге "..." , опубликованная в журнале Биология внутренних вод. 2004. № 2. С. 92-94. Напомним также читателям, что обширный материал по теме, в том числе, по проблемам количественной оценки, представлен в Серии учебных пособий “Сохранение биоразнообразия” , подготовленный коллективом авторов Экоцентра МГУ им. М.В. Ломоносова

Шуйский В.Ф., Максимова Т.В., Петров Д.С. Изоболический метод оценки и нормирования многофакторных антропогенных воздействий на пресноводные экосистемы по состоянию макрозообентоса. - недавно изданная монография коллектива петербургских ученых, которая, по нашему мнению, является существенным научным вкладом в развитии представлений количественной гидробиологии. На нашем сайте представлены в полном объеме: развёрнутая аннотация, содержание, предисловие и одна из шести глав. По вопросам приобретения монографии следует обращаться к проф. В.Ф. Шуйскому по адресу электронной почты: shuisky.v@mail.ru

Крамаренко С.С. Особенности использования энтропийно-информационного анализа для количественных признаков биологических объектов. Превосходная иллюстрация применения энтропийно-информационного анализа для полигенных (количественных) признаков биологических объектов различной природы, имеющих нормальное (гауссово) распределение или близкое к нему. Показана обоснованость использования не частот абсолютных значений признаков, рассчитанных на основе гистограммы выборочного распределения, а частот интеграла плотности вероятностей распределения стандартизированных значений.

Крамаренко С.С. Практикум по математическим методам в экологии (вып. 1, 2 и 3) :
- Выпуск 1. Методы оценки абсолютной плотности и пространственной структуры популяции;
- Выпуск 2. Методы оценки абсолютной численности;
- Выпуск 3. Методы анализа возрастной структуры популяции.
Компактная, но информационно насыщенная методическая проработка, любезно предоставленная доцентом Николаевского ГАУ (Украина). Полезна в качестве учебного пособия по количественной экологии как студентам, так и зрелым научным работникам, ведущим статистическую обработку результатов наблюдений. Приятно сознавать, что наш сайт потихоньку выходит на международный уровень.

Савельев А.А. Биохорологическое разнообразие и моделирование пространственной структуры растительного покрова (геоинформационный подход) Основные положения диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук по специальности 03.00.16 – экология, 2004 г. На высокой профессионально-математической основе развиваются методики оценки плотности пространственного распределения обилия видов, формирующих растительный покров

Шитиков В.К., Розенберг Г.С., Костина Н.В. Методы синтетического картографирования территории (на примере эколого-информационной системы "VOLGABAS") Попытка переосмысления работы, выполненной авторами на заре 90-х годов. Содержит много чисто методических фрагментов из рождающейся монографии "Структурный анализ экологических систем".

Меншуткин В.В. c коллективом соавторов. Статистические связи в экосистеме Куйбышевского водохранилища - достаточно древняя, но актуальная в методическом плане работа. Опубликована в Гидробиологическом журнале - 1998. - Т.34, № 5, стр. 94-104.

Воробейчик Е.Л. Экологическое нормирование токсических нагрузок на наземные экосистемы Основные положения диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук по специальности 03.00.16 – экология. Удачное сочетание репрезентативного экспериментального материала с аккуратно сформулированной терминологией и гармонично вытекающей теоретической концепцией.

Баканов А.И. Библиографический список, содержащий свыше 4000 ссылок на работы, связанные с применением вычислительных методов в широком спектре биосферных исследований (анализ структур водных экосистем, оценка пространственного распределения организмов), и в области прикладной математики. Список обновлен 18.07.2004 г.

Шитиков В.К. , Зинченко Т.Д., Головатюк Л.В. Метод оценки качества поверхностных вод по макробентосу на основе видовых индикаторных валентностей Взгляд на оценку сапробности водоемов глазами математика. Приведены результаты вычислительного эксперимента. Опубликовано в Материалы II Международной конференции “Озерные экосистемы: биологические процессы, антропогенная трансформация, качество воды”. Минск-Нарочь. 2003. С. 537-540. Детальное изложение см. в еще одной статье этих же авторов в формате Acrobat Reader (PDF).

Гелашвили Д.Б. , Якимов В.Н. , Логинов В.В. , Епланова Г.В. Cтатистический анализ флуктуирующей асимметрии билатеральных признаков разноцветной ящурки Eremias arguta. Опубликовано в Актуальные проблемы герпетологии и токсинологии: Сборник научных трудов. Вып. 7. – Тольятти, 2004. – С. 45–59.

Диалоги с Натаном и др. : обсуждение общесистемных и математических аспектов книги "Количественная гидроэкология" с ее добровольными рецензентами

Баканов А.И. О некоторых методологических вопросах применения системного подхода для изучения структур водных экосистем Опубликовано в Биология внутренних вод. 2000. № 2. С. 5-19.

Дромашко С.Е. Математизация естествознания и "кризис" теоретической биологии Опубликовано в разделе "Конференция" электронного журнала "Биометрика"(см. "Ссылки")

Шурганова Г.В., Иудин Д.И., Гелашвили Д.Б., Якимов В.Н. Мультифрактальный анализ видового разнообразия зоопланктоценозов Чебоксарского водохранилища Приводится интересный теоретический материал и практические иллюстрации использования любопытнейших математических объектов - "фракталов". Опубликовано в сб. докладов Всероссийской конференции "АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ВОДОХРАНИЛИЩ",2002, Борок, ИЭВВ РАН. Вы можете ознакомиться еще с одной статьей этих же авторов на ту же тему в формате Acrobat Reader (PDF).
Что такое "фракталы" и какова их роль в современности - см. наш раздел "Ссылки"

Трофимова Т.Г., Чернов В.И. Классификация биокибернетических систем и методология их теоретического исследования

Две заметки с антиэкологических сайтов (см. Ссылки):"Биоразнообразие как зеркало экологистской революции" и "Отказаться от религии энвайронментализма"

Попов Л.В., Седов А.Е., Чудов С.В. Развитие концепций информации в контексте биологии Опубликовано в разделе "Конференция" электронного журнала "Биометрика"(см. "Ссылки")

Баканов А.И. Использование зообентоса для мониторинга пресноводных водоемов (обзор) Опубликовано в Биология внутренних вод. 2000. № 1. С. 68-82.

Гелашвили Д. Б. , Карандашова А.А. Принципы экологического нормирования антропогенной нагрузки на лотические экосистемы по показателям макрозообентоса Обсуждаются различные версии семейства индексов для количественной оценки экологического состояния малых рек. Опубликовано в Изв. Самар. Науч. центра РАН. 2002. Т. 2. №4, с. 252-254.

Баканов А.И. Количественная оценка доминирования в экологических сообществах - Фундаментальный обзор индексов обилия и доминирования. Рукопись депонирована в ВИНИТИ, 1987. 63 с.

Запустить просмотрщик Acrobat Reader Вы можете интерактивно ознакомиться с экологическим паспортом оз. Пляжное (в Комсомольском районе г. Тольятти) в формате Acrobat Reader (PDF) и скопировать его - 2.8 Mb ! Паспорт оформлен в соответствии с определенными "стандартами" на такого рода документы.

Баканов А.И., Сметанин М.М., Шихова Н.М. Основные источники ошибок в гидробиологических и ихтиологических исследованиях Публикуется в журнале "Биология внутренних вод"

Бикбулатов Э.С. Письмо о точности. Критический обзор статей, опубликованных в номерах журнала "Биология внутренних вод"

Баканов А.И. Теоретические основы экологического районирования водохранилищ. Опубликовано в Водные ресурсы. 1997. Т. 24. № 3. С. 336-343.

Сердюцкая Л.Ф., Каменева И.П. Модели водных экосистем и их фазовые портреты Приводится пример модели круговорота азота в Куйбышевском водохранилище. См. также главу из книги этих авторов "Системный анализ и математическое моделирование медико-экологических последствий аварии на ЧАЭС и других техногенных воздействий." - Киев: "Медэкол" МНИЦ БИО-ЭКОС МЧС и НАН Украины, 2000. - 173 с.

Крестин С.В., Розенберг Г.С. Модель трансформации азотосодержащих веществ Куйбышевского водохранилища. См. также : Крестин С.В., Розенберг Г.С. Об одном механизме "цветения воды" в водохранилище равнинного типа // Биофизика. 1996. Т. 41. Вып. 3. С. 650-654.