Лаборатория экологии простейших микроорганизмов создана в 2004 г. в ходе структурной реорганизации лаборатории и группы экспериментальной микробиологии. Начало планомерным исследования этой группы было положено д.б.н. В.В. Жариковым в 1986 году. Изучение сообществ бактерий Волжских водохранилищ начато в 80х годах прошлого века к.б.н. А.В. Иватиным и к.б.н. и Ж.С. Потехиной.

Основное направление исследований лаборатории в настоящее время – изучение видового состава и сообществ свободноживущих инфузорий и бактерий водохранилищ и других водоемов Средней и Нижней Волги. Образование на Средней Волге Чебоксарского и Нижнекамского водохранилищ и слабая изученность современной фауны простейших обусловили необходимость проведения работы в двух направлениях – протозоологических (идентификация видов и аутэкологические исследования) и гидробиологическое (структура сообществ и динамика их развития).

Наиболее важные достижения:

По материалам исследований был опубликован первый кадастр свободноживущих инфузорий Волги (1996), в котором впервые указан видовой состав и распространение свободноживущих инфузорий по каскаду волжскокамских водохранилищ, экологические характеристики. Было установлено, что в водохранилищах Средней и Нижней Волги встречается 76% (219 видов) всей фауны инфузорий Волги. Среди «новых» видов для бассейна Волги найдены морские по происхождению инфузории (сем. Folliculinidae), которые скорее можно отнести не к инвазионным видам, а к аборигенным, сохранившимся после Хвалынской трансгрессии. Установлено, что типичными для всех водохранилищ каскада стали мезо- и полисапробные виды, тогда как массовые в 70-х годах олигосапробные представители исчезли или стали чрезвычайно редки.

Впервые получены данные по сезонной динамике, распределении общности фауны инфузорий в Саратовском водохранилище и озерах Средней Волги. Впервые исследованы особенности развития бактериального планктонного сообщества и изучена его вертикальная гетерогенность в приволжских озерах разного типа. Установлены количественные зависимости между микробиологическими и экологическими параметрами в экосистемах малых эвтрофных водоемов. Установлено, что для эвтрофных и гиперэвтрофных озер характерно доминирование колониальных видов пурпурных бактерий и малочисленность подвижных одиночных форм. Есть основания предполагать тесную связь характера вертикального распределения планктонных бактерий с гидрологической стабильностью озера и соотношением внешней и внутренней биогенной нагрузки на водоем.